Treinta años atrás, cuando Benjamín Chaparro era prosecretario en un juzgado de instrucción, llegó a su oficina la causa de un homicidio que no pudo olvidar. Ahora, ya jubilado, repasa buena parte de su vida, las instancias de ese caso y sus insospechadas derivaciones, y la historia de un amor secreto que lo mantiene acorralado entre la pasión y el silencio.
El secreto de sus ojos ofrece al lector una trama policial ambientada en los años sesenta y setenta, en una Argentina que paulatinamente se sumerge en la violencia política y cuyos personajes luchan contra la impunidad, la burocracia del sistema judicial y las miserias propias y ajenas. Una historia protagonizada por hombres que hicieron de la búsqueda de la verdad un destino; de la memoria, un camino imprescindible, y de la lealtad, un culto que trasciende el tiempo, las distancias y la muerte.